反相色譜的影響因素：
 

　　(1)柱長
 

　　有機小分子和肽類的分辨率隨柱長的增加而增加.但是柱長增加并不能使蛋白質(zhì)和核酸等生物大分子的分辨率顯著增加.它們在較短的柱子上往往也有很好的分離效果。
 

　　(2)流動相的流速。
 

　　有機小分子和肽類的分辨率對流動相流速非常敏感。而蛋白質(zhì)和核酸等生物大分子的分辨率則不然。流速越小，柱子越長，色譜峰的寬度就越大，分辨率就越小。制備色譜上樣過程中的流速對動態(tài)吸附容量影響很大。
 

　　(3)溫度。
 

　　溫度上升，流動相黏度下降，流動速度加快，且流動相與固定相之間的傳質(zhì)速度加快，使分辨率增加。同時，溫度上升，分子熱運動增加，疏水性作用減弱。升高溫度要考慮目標物質(zhì)的熱穩(wěn)定性。
 

　　(4)流動相組成。
 

　　流動相的極性越大，溶質(zhì)的分配系數(shù)越大，洗脫時間越長。RPC多采用降低流動相極性(水含量)的線性梯度洗脫法。水是極性強的溶劑，在反相色譜中常常和基礎(chǔ)溶劑配合使用，向流動相中加入不同濃度的、可以與水混溶的有機溶劑，以得到不同強度的流動相，這些有機溶劑稱為修飾劑。反相色譜中常用的有機溶劑有甲醇和乙腈。此外，乙醇、四氫呋喃、異丙醇及二氧六環(huán)也常被用作修飾劑。有機溶劑梯度的大小也會影響分辨率，一般梯度越小，分辨率越大。